Doxygen 允许你在输出中包含 ${\LaTeX}$ 公式（这仅适用于 HTML、 ${\LaTeX}$ 和 RTF 输出）。为了能够在 HTML 和 RTF 文档中包含公式（作为图像），你还需要安装以下工具：

latex: ${\LaTeX}$ 编译器，用于解析公式。我测试时使用的是 teTeX 1.0 版本。
dvips: 一个将 DVI 文件转换为 PostScript 文件的工具。我测试时使用的是 Radical Eye software 的 5.92b 版本。
gs: GhostScript 解释器，用于将 PostScript 文件转换为位图。我测试时使用的是 Aladdin GhostScript 8.0 版本。

对于 HTML 输出，还可以选择使用 MathJax，这不需要上述工具。如果你在配置中启用 USE_MATHJAX，则 latex 公式将“原样”复制到 HTML 中，由客户端 JavaScript 解析并将它们转换为（交互式）图像。

有四种在文档中包含公式的方式。

使用出现在正文中的行内公式。这些公式应放在一对 \f$ 命令之间，所以
```
  The distance between \f$(x_1,y_1)\f$ and \f$(x_2,y_2)\f$ is 
  \f$\sqrt{(x_2-x_1)^2+(y_2-y_1)^2}\f$.
```
结果是

和之间的距离是 $\sqrt{(x_2-x_1)^2+(y_2-y_1)^2}$ 。
使用出现在正文中的行内公式，与 \f$ 不同，它不会在 ${\LaTeX}$ 中显式打开数学模式。这些公式应放在 \f( 和 \f) 命令之间，所以
```
  The LaTeX and Tex logos are: \f(\LaTeX \f) and \f(\TeX \f).
```
结果是

LaTeX 和 Tex 标志是： ${\LaTeX}$ 和 ${\TeX}$ 。

非编号的显示公式，它们会居中显示在单独的行上。这些公式应放在 \f[ 和 \f] 命令之间。例如：

  \f[
    |I_2|=\left| \int_{0}^T \psi(t) 
             \left\{ 
                u(a,t)-
                \int_{\gamma(t)}^a 
                \frac{d\theta}{k(\theta,t)}
                \int_{a}^\theta c(\xi)u_t(\xi,t)\,d\xi
             \right\} dt
          \right|
  \f]

结果是

$|I_2|=\left| \int_{0}^T \psi(t) \left\{ u(a,t)- \int_{\gamma(t)}^a \frac{d\theta}{k(\theta,t)} \int_{a}^\theta c(\xi)u_t(\xi,t)\,d\xi \right\} dt \right|$

不在数学环境中的公式或其他 latex 元素可以使用 \f{environment} 指定，其中 environment 是 ${\LaTeX}$ 环境的名称，相应的结束命令是 \f}。这是一个方程组数组的示例：

   \f{eqnarray*}{
        g &=& \frac{Gm_2}{r^2} \\ 
          &=& \frac{(6.673 \times 10^{-11}\,\mbox{m}^3\,\mbox{kg}^{-1}\,
              \mbox{s}^{-2})(5.9736 \times 10^{24}\,\mbox{kg})}{(6371.01\,\mbox{km})^2} \\ 
          &=& 9.82066032\,\mbox{m/s}^2
   \f}

结果是

$\begin{eqnarray*} g &=& \frac{Gm_2}{r^2} \\ &=& \frac{(6.673 \times 10^{-11}\,\mbox{m}^3\,\mbox{kg}^{-1}\, \mbox{s}^{-2})(5.9736 \times 10^{24}\,\mbox{kg})}{(6371.01\,\mbox{km})^2} \\ &=& 9.82066032\,\mbox{m/s}^2 \end{eqnarray*}$

对于第一和第三种命令，应确保公式包含 ${\LaTeX}$ 数学模式下的有效命令。第二种命令应包含在文本模式下有效，并且在使用 USE_MATHJAX 时在数学模式下也有效的命令。对于第四种命令，该部分应包含特定环境下的有效命令。

警告: 目前，Doxygen 在从公式中的拼写错误中恢复的容错性不是很好。可能需要删除写入到 html、rtf 等目录中的 formula.repository 文件以及 form_* 文件，以便清除不正确的公式。

为了能够定义你自己的 ${\LaTeX}$ 命令，例如用于公式构建块或一致地书写某些词语，可以使用配置选项 FORMULA_MACROFILE 来提供一个包含 ${\LaTeX}$ 命令的文件。该文件可以包含 ${\LaTeX}$ 的 \newcommand 和 \renewcommand 命令，并且它们会被包含在公式中（图像版本和 MathJax 版本）以及生成的 ${\LaTeX}$ 输出中（用于生成 PDF）。
\newcommand（和 \renewcommand）仅限于不带可选参数的版本，因此只支持以下类型：

\newcommand{\cmd}{replacement}

\newcommand{\cmd}[nr]{replacement}

例如：

\newcommand{\E}{\mathrm{E}}

\newcommand{\ccSum}[3]{\sum_{#1}^{#2}{#3}}

前往下一节或返回索引。