对文档撰写者的要求极少。纯文本即可，支持 Markdown，对于更复杂或结构化的输出，可以使用 HTML 标签和/或 Doxygen 的一些特殊命令。
跨平台：可在 Windows 和多种 Unix 版本（包括 Linux 和 macOS）上运行。
即使对于未文档化的代码，也能索引、组织并生成可浏览和交叉引用的输出。
为解析后的源代码生成结构化 XML 输出，可供外部工具使用。
支持 C/C++、Lex、Java、(Corba 和 Microsoft) Java、Python、VHDL、PHP IDL、C#、Fortran、Objective-C 2.0 以及部分 D 语言源代码。
支持对文件、命名空间、包、类、结构体、联合体、模板、变量、函数、类型定义、枚举和宏定义的文档化。
兼容 Javadoc (1.1)、qdoc3（部分）和 ECMA-334 (C# 规范)。
自带 GUI 前端 (Doxywizard)，方便编辑选项和运行 Doxygen。该 GUI 可在 Windows、Linux 和 macOS 上使用。
自动生成 HTML 格式的类图和协作图（作为可点击的图像映射），以及 ${\LaTeX}$ 格式（作为 Encapsulated PostScript 图像）。
使用 Graphviz 工具包的 dot 工具生成包含依赖关系图、协作图、调用图、目录结构图和图形化类层次结构图。
允许按主题对实体进行分组并创建主题层次结构。
灵活的注释位置：允许您将文档放置在头文件（实体声明之前）、源文件（实体定义之前）或单独的文件中。
生成类的所有成员列表（包括继承的成员）及其保护级别。
同时输出在线格式（XHTML 和 UNIX 手册页）和离线格式（ ${\LaTeX}$ 和 RTF）（如果需要，可以禁用其中任何一种）。所有格式都经过优化，以便于阅读。
此外，可以使用 Microsoft 的 HTML Help Workshop（仅限 Windows）从 HTML 输出生成压缩的 HTML，也可以从 ${\LaTeX}$ 输出生成 PDF。
支持各种第三方帮助格式，包括 HTML Help、docsets、Qt-Help 和 eclipse 帮助。
包含一个完整的 C 预处理器，可以正确解析条件代码片段，并允许展开部分或全部宏定义。
自动检测 public、protected 和 private 部分，以及 Qt 特定的 signal 和 slots 部分。提取私有类成员是可选的。
自动生成对已文档化的类、文件、命名空间和成员的引用。也支持对全局函数、全局变量、类型定义、宏定义和枚举的文档化。
自动生成对基类/超类和继承/覆盖成员的引用。
包含一个快速的、基于排名的搜索引擎，用于在类和成员文档中搜索字符串或词语（基于 PHP）。
包含一个基于 JavaScript 的实时搜索功能，可在您输入时搜索符号（适用于中小型项目）。
您可以在文档中输入普通的 HTML 标签。Doxygen 会自动将其转换为等效的 ${\LaTeX}$ 、RTF 和手册页格式。
允许以位置无关的方式引用为其他（已使用 Doxygen 文档化的）项目（或同一项目的另一部分）生成的文档。
允许包含源代码示例，这些示例将自动与文档进行交叉引用。
也支持包含未文档化的类，这样可以快速了解（大型）代码段的结构和接口，而无需查看实现细节。
允许自动交叉引用（已文档化的）实体与其在源代码中的定义。
所有源代码片段都进行语法高亮显示，以便于阅读。
允许在文档中包含函数/成员/类的定义。
所有选项都从易于编辑且（可选）带注释的配置文件中读取。
文档和搜索引擎可以转移到另一个位置或机器，而无需重新生成文档。
支持多种不同的字符编码，并在内部和生成输出时使用 UTF-8。
Doxygen 可以生成一个布局，您可以用来编辑以更改每个页面的布局。
有 100 多个可配置选项可以微调输出。
可以轻松应对大型项目。

虽然 Doxygen 现在可以用于任何使用 Doxygen 支持的语言编写的项目，但最初它是专门设计用于使用 Qt Software 的 Qt 工具包的项目。我一直努力使 Doxygen ‘Qt 兼容’。也就是说：Doxygen 可以读取 Qt 源代码中包含的文档，并创建一个类浏览器，其外观与 Qt Software 生成的类浏览器非常相似。Doxygen 理解 Qt 使用的 C++ 扩展，如 signals 和 slots，以及 Qt 源代码中使用的许多标记命令。

Doxygen 还可以自动生成指向现有文档的链接，这些文档是使用 Doxygen 或 Qt 的非公共类浏览器生成器生成的。对于基于 Qt 的项目，这意味着无论何时您引用属于 Qt 工具包的成员或类，都会生成一个指向 Qt 文档的链接。这与该文档的存储位置无关！

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